В основе фамилии Капаев лежит татарское имя Капай, состоящее из двух основ: «кап» - «близкий кровный родственник» и «ай» - «месяц». Однако нельзя исключить, что эта фамилия восходит к слову «капа» - «шапка, фуражка». В этом случае прозвище Капай получил обладатель капы. Менее вероятно, что фамилия Капаев образована от производной формы имени Капитон: Капа. Имя Капитон происходит от латинского слова capitonis - «большеголовый». В истории христианства известны двое святых, благодаря которым это имя вошло в святцы: священномученик Капитон, епископ Херсонесский и мученик Капитон.