Фамилия Капаков образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: основа + патронимический суффикс -ов. Если отбросить суффикс, указывающий на принадлежность («чей?»), остаётся корень Капак. Вопрос в том, от какого именно слова пошло это прозвище или имя.

Самая прямая версия — от тюркского слова «капак» (крышка, заслонка, веко). В диалектах южнорусских областей, где было сильно татарское и башкирское влияние, «капаком» могли назвать человека по сходству: либо за плотное телосложение, либо, в переносном смысле, за замкнутый, «закрытый» характер. Встречается и другое значение — «капкан» или «ловушка»; тогда прозвище мог получить охотник или хитрый человек.

Менее вероятная, но возможная версия — от канонического имени Прокопий. В народных формах оно давало варианты Прокофий, Прокоп, а в некоторых говорах — Капка или Капа. Если к такой краткой форме добавить суффикс -ак (Капак), а затем фамильный -ов, получится Капаков. Однако эта цепочка сложнее, и для неё нет массовых подтверждений в переписных книгах.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу — регионам, где столетиями жили рядом русские и тюркские народы. Встречается она и у татар, и у башкир, и у русских. Поэтому однозначно утверждать, что предки носителя фамилии были русскими или тюрками, нельзя — граница между этносами в быту размыта.

В дореволюционных списках Капаковы фигурируют чаще как крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что косвенно подтверждает её «прозвищное» происхождение от народного слова, а не от имени святого.