Фамилия Капакли — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает все остальные версии. Её основа — топоним Капаклы, так называется несколько сёл в Турции и одна историческая местность в Крыму. В переводе с тюркского «капаклы» значит «с крышкой, крытый». Это могло относиться к форме холма, к дому с характерной кровлей или к роднику, накрытому плитой. Но для носителя фамилии важнее другое: Капакли — это указание на выходца из конкретного места, то есть прозвище по происхождению, которое закрепилось как фамилия.

Словообразовательная модель здесь нестандартная для русских фамилий. Окончание -и не указывает на принадлежность, как в фамилиях на -ов или -ин. Это застывшая тюркская основа без падежного суффикса, что характерно для фамилий, которые сложились на юге Российской империи, в среде греков, армян или крымских татар. Фамилия Капакли чаще всего встречается у потомков крымских греков, выселенных в Приазовье после присоединения Крыма к России. В Мариупольском уезде Екатеринославской губернии такие фамилии на -и, -лы, -джи были обычным делом.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с греческим словом капаки (καπάκι), означающим «крышка» или «створка». В греческих диалектах Причерноморья это слово могло стать прозвищем ремесленника, скажем, бондаря или кровельщика. Но против этой гипотезы говорит то, что фамилия не получила греческого суффикса -пуло или -дис, а осталась в тюркской форме.

В антропонимических справочниках фамилия Капакли не описана подробно, но её можно уверенно отнести к пласту южнорусских фамилий тюркского происхождения. Носители этой фамилии — не дворяне и не крестьяне центральных губерний, а скорее ремесленники или торговцы из греческих и татарских поселений Крыма и Приазовья. Встречается она редко, и каждый её носитель — хранитель связи с конкретным топонимом, который сегодня, возможно, уже не найти на карте.