Фамилия Капекова — женская форма, а её мужской вариант — Капеков. В русской традиции такие фамилии обычно принадлежат потомкам тюркских народов, и разбор здесь нужно начинать не с суффикса, а с корня. Основа «Капек» почти наверняка восходит к тюркскому личному имени или прозвищу Капек, которое в свою очередь связано со словом «кап» — мешок, сумка, вместилище. В тюркских языках (казахском, башкирском, татарском, киргизском) «кап» также может означать ножны, футляр или даже кожу.

Прозвище Капек могли дать человеку по нескольким причинам. Самая прямая — ремесло: предок мог быть кожевником, изготовителем мешков, перевозчиком товаров в мешках. Вторая версия — то, что в русской традиции назвали бы «мешочником»: либо запасливый, либо, наоборот, неопрятный, неряшливый человек. Третья, более редкая, — метафорическая: «кап» как защита, укрытие, так могли прозвать молчаливого или замкнутого человека.

Суффикс «-ов» в фамилии Капеков типичен для русификации тюркских имен. Когда народы Поволжья, Приуралья, Кавказа или Средней Азии входили в состав Российской империи, их фамилии часто оформляли по русской модели: к основе добавляли -ов/-ев. Это не указывает на этническую принадлежность носителя, а лишь фиксирует способ записи в документах XIX–XX веков. Географически фамилия Капеков (и Капекова) чаще всего встречается у казахов, башкир и татар, реже — у народов Северного Кавказа.

В сословном плане предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или ремесленниками. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Встречаются варианты написания: Копеков, Капиков — они могли возникнуть из-за диалектного произношения или ошибок писаря, но корень «кап» остаётся общим.

Если искать параллели, то однокоренные фамилии — Капов, Капкин, Капустин (последняя — уже чисто русская, от названия овоща). Но Капеков отличается тем, что сохраняет тюркский суффикс «-ек» (уменьшительный или ласкательный), то есть исходное прозвище звучало как «маленький мешок» или «сын того, кого звали Кап». Такая деталь указывает на то, что предок был не просто ремесленником, а, возможно, младшим в роду или носил прозвище с оттенком уменьшительности.