Фамилия Капинеров — редкая и нестандартная для русского слуха. Её основа явно не славянского происхождения, и первое, что приходит в голову, — связь с латинским словом «capio» (брать, захватывать) или его производными. Однако в русской ономастике прямая калька с латыни почти не встречается, поэтому логичнее искать корень в говорах или профессиональных прозвищах.

Скорее всего, фамилия образована от прозвища Капинер, которое могло прийти из южнорусских или украинских диалектов. В них «капинер» — вариант слова «каптенармус» (от нем. Kapitän der Armatur), то есть человек, ведающий вещевым и оружейным складом в армии. В быту так могли называть не только военного чиновника, но и любого рачительного хозяина, который строго учитывает имущество. Суффикс -ов типичен для русских фамилий, указывая на принадлежность: «сын Капинера».

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с тюркским или кавказским словом «капы» (ворота, дверь) и суффиксом -нер, обозначающим профессию. Тогда Капинер — «привратник», «сторож у ворот». В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилия встречается в регионах с сильным тюркским влиянием (Поволжье, Северный Кавказ), но точных данных о географии Капинеровых нет.

В любом случае, фамилия недворянская и нестарая: она фиксируется в метрических книгах конца XIX — начала XX века среди крестьян и мещан. В современной России носителей мало, фамилия не входит даже в первую тысячу по распространённости. Разбор показывает, что предки Капинеровых были либо армейскими служащими нижнего звена, либо людьми, получившими прозвище за хозяйственную скрупулёзность.