Фамилия Капсергенов — одна из тех, что сразу выдают географию. Её основа явно кавказского, точнее — адыгского или абазинского происхождения, а русский суффикс -ов указывает на то, что носитель фамилии — потомок человека, которого в документах записали как Капсерген. Такая модель типична для русификации местных имён и прозвищ на Северном Кавказе в XIX–XX веках.

Корень фамилии — личное имя Капсерген. В адыгских и абазинских языках оно составное: первая часть «капс» (или «къапс») может восходить к слову со значением «дорогой», «ценный» либо к имени Капса (так звали одного из родоначальников у адыгов). Вторая часть — «ерген» — скорее всего, тюркского происхождения, от «эрген» (холостой, молодой человек, юноша). В тюркских языках это слово часто входило в состав имён (например, Эргенек). Таким образом, имя Капсерген могло означать «дорогой юноша» или «ценный парень» — типичное пожелательное имя, какими нарекали мальчиков у народов Кавказа.

С точки зрения антропонимики, фамилия Капсергенов стоит в ряду таких же русифицированных кавказских фамилий, как Капшуков, Капсов, Капсанов. Общий корень «капс» объединяет их с адыгскими родоплеменными названиями — например, с фамилией Капсовы у кабардинцев. Встречаемость фамилии в России невысока, она сосредоточена в основном в Карачаево-Черкесии и Кабардино-Балкарии, что подтверждает её абазино-адыгские корни.

Ударение в фамилии, по правилам русского языка и с учётом кавказского произношения, падает на последний слог: Капсерге́нов. В бытовой речи возможны колебания, но исторически верным считается конечное ударение, поскольку в исходном имени Капсерге́н оно было на последнем слоге.