Фамилия Капсергенова — редкий случай, когда в основе лежит не славянское, а тюркское имя, причём с довольно прозрачной внутренней формой. Это женская форма фамилии Капсергенов, а мужская, соответственно, Капсергенов. Образована она по стандартной русской модели с суффиксом -ов, что указывает на принадлежность: буквально «чей?» — Капсергенов, то есть потомок человека по имени Капсерген.

Само имя Капсерген — составное, характерное для тюркской антропонимии (особенно ногайской, кумыкской, карачаево-балкарской). Первая часть «капс» (или «капса») восходит к слову со значением «мешок», «сума», «кошелёк», а вторая — «-ерген» — это причастие от глагола «достигать», «добывать», «находить». В сумме имя можно перевести примерно как «нашедший кошелёк», «добытчик мешка» или, в более широком смысле, «тот, кто обрёл богатство». Такие имена-пожелания давали в надежде на удачу и достаток: чтобы ребёнок в жизни «нашёл свой мешок с деньгами».

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу, особенно к Карачаево-Черкесии и Кабардино-Балкарии. Встречается она и у ногайцев, и у кумыков. Русский суффикс -ов здесь прирос к тюркскому имени уже в XIX–XX веках, когда при переписях и в документах фамилии унифицировали по общероссийскому образцу. До этого носители могли обходиться без фамилии или иметь патроним в тюркской форме (Капсергенович/Капсергеновна — по-русски, или «улы»/«кызы» — по-тюркски).

В русском языке фамилия сохранила ударение на последнем слоге — Капсергéнова, что тоже выдает её иноязычное происхождение: в исконно русских фамилиях с суффиксом -ов ударение чаще падает на основу или на суффикс, но редко на окончание в женской форме. Если у вас есть версия, что фамилия может быть связана с каким-то ремеслом (например, изготовлением мешков), то это маловероятно: имя Капсерген — личное, а не прозвище по профессии. Сословно предки, скорее всего, были из крестьян или горских узденей (свободных общинников), но точных данных по конкретному роду без генеалогического исследования нет.