Фамилия Капшеев — редкий пример, где основа, скорее всего, не русская, а тюркская, но оформлена по русской словообразовательной модели. Суффикс -ев указывает на типичный патроним: «чей?» — Капшеев, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Капшай (или Капшей). Фамилия закрепилась, когда предок получил прозвание, а его дети записались как Капшеевы.

Разбираем корень «Капш-». Самая вероятная версия ведет к тюркскому «капша» или «капшак» — в ряде тюркских языков это слово означает «торопливый», «суетливый», «непоседливый». В казахском, например, «қапшаң» — проворный, шустрый. Прозвище Капшай могли дать человеку с живым, быстрым характером или тому, кто вечно спешил. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным русским «капша» — так в некоторых говорах называли деревянную ложку или ковш (от «кап» — капля), но эта версия слабее, так как суффикс -ей/-ай в русских прозвищах от предметов встречается реже, чем в тюркских именах.

Географически фамилия тяготеет к юго-востоку России — Поволжью, Оренбуржью, Башкортостану, где веками шло смешение русского и тюркского населения. Встречается она и у казахов, но с другим окончанием (Капшаев). Русский вариант на -еев закрепился, скорее всего, в среде служилых людей или крестьян, которые перенимали прозвища от соседей-тюрков. Сословно предки Капшеевых могли быть как однодворцами (государственные крестьяне южных окраин), так и казаками — фамилия фиксируется в списках Оренбургского казачьего войска.

В написании есть нюанс: двойная «е» — Капшеев, а не Капшаев или Капшиев. Это указывает на то, что в основе лежало имя или прозвище, оканчивающееся на -ей: Капшей. Если бы основа была Капшай, фамилия писалась бы через «а» — Капшаев. Такое различие помогает точнее восстановить исходную форму прозвища.