Фамилия Каптарь — редкий пример, когда корень слова ведёт не в славянские языки, а в румынский. В основе лежит румынское captar — «крыша улья». Прозвище Каптарь, скорее всего, получил пчеловод: человек, который разводил пчёл, собирал мёд на продажу или готовил особые медовые блюда. Такое профессиональное именование было естественным в местностях, где бортничество или пасечное хозяйство составляли основу промысла.

Но у румынского корня есть и другие смыслы. Глагол capta переводится как «заманивать, завлекать». Если отталкиваться от этой версии, прозвище могло принадлежать артистичному человеку, затейнику, который устраивал представления и притягивал к себе людей. Тот же глагол означает «отводить воду (источник)». В жарких засушливых районах, где каждый ручей на счету, умение отвести воду для полива полей было ремеслом, достойным отдельного прозвища. Так что предок Каптарь мог быть и ирригатором, и пчеловодом, и артистом — все три версии имеют право на существование, хотя первая, «пчеловодческая», выглядит наиболее прямой и распространённой у подобных фамилий.

Сама фамилия образована по простой модели: прозвище Каптарь стало основой, к которой не добавляли типичных русских суффиксов -ов или -ин. Это так называемая «неоформленная» фамилия, она закрепилась в той же форме, что и прозвище. Такое встречается реже, чем фамилии на -ов, и часто указывает на южные или западные регионы, где сильнее было влияние неславянских языков. Встретить Каптарей можно в Молдавии, на юго-западе Украины и в прилегающих областях России — именно там румынские корни переплетались со славянскими.