Фамилия Каптан — редкий случай, когда прозвище, ставшее фамилией, почти не изменило формы и звучит так же, как нарицательное слово. В основе лежит существительное «каптан» — в русских говорах так называли верхнюю мужскую одежду, род кафтана или зипуна. Человек, получивший такое прозвище, мог либо шить эту одежду (портной-каптанщик), либо постоянно носить её, либо чем-то походить на неё — например, быть мешковатым или неповоротливым.

Слово «каптан» — тюркское заимствование (сравните: турецкое kaftan, татарское каптан), и пришло оно в русский язык вместе с самим предметом одежды. На юге России и в Поволжье, где контакты с тюркскими народами были особенно тесными, фамилия Каптан встречается чаще. Фамилия оформлена без типичного русского суффикса -ов/-ев или -ин, что указывает на её относительно позднее закрепление или на то, что прозвище было «заморожено» в документах в исходном виде.

Возможна и вторая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от тюркского имени Каптан, которое в некоторых языках означает «храбрый», «богатырь». Однако для русской среды более правдоподобным остаётся «одежный» след: прозвище по роду занятий или внешности — самый частый путь образования фамилий у непривилегированных сословий.

С точки зрения словообразования интересно, что фамилия Каптан стоит в ряду других «бессуффиксных» фамилий от названий одежды: Сарафан, Тулуп, Армяк. Все они, как правило, принадлежали крестьянам или ремесленникам и несли в себе прямую, бытовую характеристику человека. Никакой тайны — просто человек, с которым что-то связало каптан.