Фамилия Кафтан — прозрачная по смыслу, но не такая простая по происхождению, как кажется на первый взгляд. В её основе лежит слово «кафтан» — старинная верхняя одежда с глубоким запахом и длинными рукавами. В русский язык это слово пришло из татарского, а в тюркские языки — из персидского. Существовало множество разновидностей кафтана: круглый, с борами, кучерский, немецкий или разрезной сзади, короткий (полукафтан), сибирка, прямой, французский кафтан, широкополый, круглый фрак. Как правило, кафтаны шили из синего сукна.

О популярности этой одежды говорит обилие пословиц и поговорок: «Худая слава, что без кафтана Савва», «Рад Епифан, что нажил серый кафтан», «Те же кафтаны, да не те карманы», «И кафтан греет, когда шубы нет», «Кафтан кафтаном, а борода даром», «Хоть кафтан и сер, а ум не черт съел», «Пуст карман, да синь кафтан, щеголь». Эти выражения показывают, что кафтан был не просто одеждой, а символом достатка, статуса и даже характера человека.

Скорее всего, основатель рода Кафтан получил прозвище за любовь к нарядной одежде — был щеголем, который следил за своим кафтаном. Но есть и другая, не менее вероятная версия: прозвище могли дать портному, который шил кафтаны. В старые времена ремесленников часто называли по их изделию: сапожник — Сапог, шапочник — Шапка, портной — Кафтан.

Фамилия образована без суффикса — по так называемой «нулевой» модели. Это характерно для прозвищ, которые перешли в фамилии в неизменном виде. В русской ономастике такие фамилии встречаются реже, чем патронимы на -ов или -ин, и обычно указывают на прямое прозвище первого носителя. Встречается фамилия Кафтан в разных регионах, но особенно часто — в южнорусских и украинских землях, где влияние тюркских языков было сильнее, а также среди бывших казачьих сословий. Иногда фамилию путают с однокоренной Кафтанов, но здесь суффикс -ов отсутствует, что говорит о более раннем или более прямом закреплении прозвища.