Фамилия Кафтантий — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а предмет одежды, да ещё и с необычным суффиксом. Корень здесь очевиден: «кафтан» — старинная верхняя мужская одежда, известная на Руси с XIV века. Слово пришло из тюркских языков (каптан, кафтан) и прочно закрепилось в быту всех сословий — от крестьян до бояр.

Но главная загадка — суффикс -ий. В русских фамилиях он почти не встречается в такой форме. Обычно фамилии на -ий происходят от прилагательных (Толстой, Шереметев) или от латинизированных форм (Гордий, Арсений). Здесь же -ий стоит прямо после корня, без типичных -ов, -ин или -ск. Это наводит на мысль, что фамилия не чисто русская, а могла возникнуть в среде, где активно использовались польские или западнорусские модели словообразования. В польском языке суффикс -ij (в русской передаче -ий) может образовывать фамилии от существительных, указывая на принадлежность или характерный признак: Кафтантий — «тот, кто при кафтане» или «человек в кафтане».

Есть и другая версия, менее вероятная: фамилия могла быть искусственно изменена в духовной или семинарской среде. Семинаристы нередко переделывали простонародные прозвища на «благородный» лад, добавляя латинские или греческие окончания. Так Кафтан мог превратиться в Кафтантий по аналогии с именами вроде Терентий, Дементий. Однако прямых свидетельств такой трансформации нет.

Исходное прозвище Кафтан давали человеку, который либо шил кафтаны, либо постоянно носил заметный, богатый кафтан, либо, напротив, имел кафтан как единственную ценную вещь. Не исключено, что прозвище закрепилось за портным-кафтанщиком — ремесло было распространённым и уважаемым. В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди по прозвищу Кафтан, но фамилия Кафтантий в документах того времени не фиксируется — скорее всего, она оформилась позже, уже в XVIII–XIX веках, когда фамилии стали массово закрепляться за потомками.

Географически фамилия редкая. Основные очаги — западные и юго-западные регионы бывшей Российской империи: Украина, Белоруссия, Польша. В современной России носителей почти нет, что подтверждает версию о западнорусском или польском происхождении модели. Суффикс -ий вместо привычных -ов или -ин мог возникнуть под влиянием местных говоров, где фамилии на -ий были нормой (например, Бортний, Скоробогатий).