Фамилия Капуова — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её форма сразу указывает на то, что перед нами женский вариант: окончание -а говорит о том, что так называют женщину, а мужская форма фамилии — Капуов. Такая модель типична для многих народов Кавказа и тюркских групп, где фамилии образуются через притяжательный суффикс, указывающий на принадлежность роду.

Основа «Капу» может восходить к нескольким корням. Самое прямое значение — тюркское «капу» (kapı), то есть «дверь», «ворота». В этом случае фамилия могла возникнуть как прозвище привратника, стража у ворот или человека, жившего у важного прохода. В османском и азербайджанском языках это слово широко распространено, и фамилия Капуов (Капуева) встречается у народов, испытавших тюркское влияние — у кумыков, балкарцев, ногайцев, а также у азербайджанцев.

Другая версия связывает основу с карачаево-балкарским словом «къапу» — тоже «дверь», но с оттенком «застава» или «преграда». В этом контексте фамилия могла закрепиться за родом, который нёс сторожевую или таможенную службу в горах. Подобные фамилии по профессиям — частая практика у горских народов, где фамилия нередко заменяла сословную характеристику.

Менее вероятная, но возможная версия — от арабского имени Капу (редкая форма имени Кафу или Гафур) через тюркское посредство. Однако в ономастических справочниках такая связь не подтверждена, и большинство носителей фамилии Капуова связывают её именно с «дверью» как с прозвищем предка.

Географически фамилия Капуова наиболее плотно представлена в Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии, реже — в Ставропольском крае и Азербайджане. В русских документах фамилия фиксируется с XIX века, когда у горских народов начали массово записывать фамилии по отцовскому имени или прозвищу с добавлением русского суффикса -ов/-ев. Таким образом, Капуов — это не исконно русская фамилия, а адаптированная к русской модели тюркская или кавказская родовая фамилия.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформлена по русскому образцу: от прозвища Капу (отец) + -ов (принадлежность). В тюркской среде без русификации она звучала бы как Капулы, Капуулы или Капуев. Вариант Капуова — женская форма, которая в паспортах и документах закреплена за женщинами, и её не следует путать с фамилией Капуева (более распространённой у адыгских народов).