Фамилия Капусьян — редкий случай, когда почти наверняка можно указать не только регион, но и этническую группу происхождения. Судя по структуре, это армянская фамилия, образованная с помощью суффикса -ян, который в армянском языке означает принадлежность («из рода такого-то») и соответствует русским окончаниям -ов/-ев. Основа здесь — Капусь.

Сразу отсекаем ложный след. Вопреки ожиданию, корень «капуст(а)» тут ни при чём. В армянском языке слово «капуста» звучит как «кагамб» — фонетически далеко. Вероятнее всего, в основе лежит тюркское или, что точнее, малоазийское имя или прозвище. В турецком языке есть слово «kapusuz» — «без двери», «бесприютный», от «kapı» (дверь). Однако такое прозвище маловероятно в качестве родового имени. Более правдоподобна связь с армянским именем Капу́т или Капут, которое могло быть ласкательной формой от более длинного имени. В армянской ономастике встречается фамилия Капутян, а Капусьян — её фонетический вариант, где конечный звук основы смягчился под влиянием русского языка или диалекта.

Ещё одна версия — топонимическая. В Западной Армении (историческая область на востоке современной Турции) существует село Капус (современное название — Караюрт). Житель этого села или выходец из него мог получить прозвище Капусец, которое затем превратилось в фамилию Капусьян. Учитывая массовый исход армян из этих земель в конце XIX — начале XX века, такой путь наиболее логичен: фамилия фиксирует место, откуда предки были вынуждены бежать.

В русском контексте фамилия Капусьян почти не встречается. Она характерна для армянской диаспоры, которая осела в Краснодарском крае, Ростовской области и на юге России. Носители фамилии, скорее всего, потомки ремесленников, торговцев или крестьян, покинувших историческую родину. Сословной принадлежности у армянских фамилий в массе своей нет — это не дворянский род, а фамилия простого люда, закрепившаяся к концу XIX века.