Фамилия Капустьян образована по редкой для восточнославянских фамилий модели — с суффиксом -ян, который чаще встречается в армянской ономастике. В русских фамилиях этот суффикс появляется в южных и западных регионах, особенно на территориях, где смешивались славянские, тюркские и кавказские традиции именования. Поэтому фамилия Капустьян — скорее всего, южнорусская или украинская по происхождению, хотя её основа однозначно славянская.

Основа — Капуст(а). В старину на Руси было распространено мирское имя Капуста. Родители давали его ребёнку по той же логике, что и другие «растительные» имена: хотели, чтобы природа воспринимала младенца как своего, а к нему перешли полезные свойства растения. Капуста на Руси была не просто овощем, а основой стола — её квасили, варили, ели сырой, поэтому и имя было понятным и частым.

Но есть и вторая версия, не менее правдоподобная. Капустой могли прозвать человека по роду занятий: крестьянина, который выращивал капусту на продажу, или знахаря, использовавшего отвар капустных листьев как лекарство. В народной медицине капустный лист прикладывали к ранам и воспалениям, так что прозвище могло закрепиться и за лекарем.

Фамилии на -ян в русской среде часто возникали через усечение: от более длинных форм вроде Капустин или Капустянский отбрасывали часть суффикса. Но для фамилии Капустьян вероятнее другое объяснение: суффикс -ян присоединили прямо к основе Капуст-, чтобы передать значение «сын Капусты» или «человек из рода Капусты». Такая модель типична для южных говоров, где под влиянием соседних языков фамилии могли оформляться не через -ов или -ин, а через -ян.

Встречаемость фамилии невысокая. В дореволюционных документах носители Капустьян фиксируются в основном в Екатеринославской, Херсонской и Таврической губерниях — то есть в Новороссии, куда в XVIII–XIX веках переселялись крестьяне из центральных губерний и Малороссии. Там фамилия и закрепилась.