Фамилия Капустьянова — редкий пример, где корень, казалось бы, очевиден, а на деле запутывает. Первое, что приходит в голову: связь с капустой. Однако в русских фамилиях основа «капуст-» встречается, но обычно в форме Капустин или Капустников. Суффикс -ьян- здесь нетипичен и указывает на иную языковую почву.

Скорее всего, перед нами фамилия, адаптированная из другого языка. Наиболее правдоподобная версия — украинское или белорусское происхождение. В этих говорах существовало прозвище Капустьян, которое могло означать не огородника, а человека, имевшего отношение к капусте в переносном смысле: например, медлительного или «квашеного» по характеру. Суффикс -ьян (как в фамилиях Костян, Степаньян) характерен для западных регионов, где он заменял более привычный для великорусских земель -ин.

Женская форма Капустьянова говорит о том, что исходная мужская фамилия — Капустьянов. По модели образования она относится к патронимическим, то есть отвечает на вопрос «чей?»: сын Капустьяна. Само имя Капустьян в святцах не значится — это народная, диалектная форма какого-либо канонического имени. Возможно, искажённое «Капитон» или «Кастор» (через промежуточное «Капустор»), но документальных подтверждений этому нет. В словаре Веселовского «Ономастикон» похожих фамилий не встречается, что подтверждает её локальный и относительно поздний характер — скорее всего, XVIII—XIX век.

Географически фамилия тяготеет к юго-западу России и востоку Украины. В современных базах данных носители встречаются в Воронежской, Белгородской областях, а также на Кубани — регионах, куда активно переселялись малороссы. Дворянской эта фамилия не была: суффикс -ьян нехарактерен для знатных родов, а сама основа слишком простонародна для гербовых книг. Предки Капустьяновых — скорее всего, крестьяне или однодворцы, получившие фамилию по уличному прозвищу.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с тюркским словом «капуст» (ворота, дверь) или с армянским именем Капустьян (от «капуйт» — синий). Но для этого нужно допустить, что фамилия прошла долгую русификацию, а следов такого пути в доступных источниках нет. Проще объяснить её как бытовое прозвище, записанное на слух в южнорусской диалектной среде.