Основой фамилии Капустян послужило мирское имя Капуста. Нецерковное мужское личное имя Капуста нередко встречалось у славян в XV-XVI вв., о чем свидетельствуют документы, где упоминаются: Капуста Андреевич Семичев, 1582 г., Новгород; Утеш Андреевич Капустин, казнен в опричнине в 1570 г. Суффикс –ян, скорее всего, указывает на то, что основатель рода Капустян был родом из Молдавии. Тем не менее, фамилия Капустян довольно часто встречается на Украине. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Капуста, со временем получил фамилию Капустян.