Фамилия Капустяненко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, означающий «сын» или «потомок», в XVII–XIX веках стал главным маркером фамилий на Левобережной и Слободской Украине. В основе лежит прозвище Капуста или Капустян — так могли назвать человека, связанного с выращиванием, продажей или просто любовью к капусте.

Модель Капустян-енко интересна тем, что между корнем и патронимическим суффиксом стоит дополнительный суффикс -ян-. Он характерен для украинских прозвищ и фамилий, образованных от названий занятий или характерных признаков (сравните: Швець — Швецяненко, Бондар — Бондаренко, но с «-ян-» — Вовк — Вовкяненко). Таким образом, Капустян — это человек, имеющий отношение к капусте: огородник, торговец или просто тот, кого дразнили «капустой» за любовь к этому овощу или, возможно, за круглую форму головы.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев (Капустин, Капустников), украинский вариант на -енко указывает на происхождение из среды казачества или крестьянства Центральной и Восточной Украины. Географически фамилия Капустяненко чаще всего встречается в Полтавской, Сумской и Черкасской областях, а также в южных регионах России, куда в XVIII–XIX веках переселялись украинские крестьяне.

Ударение в фамилии традиционно падает на -я- (Капустя́ненко), хотя в некоторых ветвях могло сместиться на последний слог под влиянием русской произносительной нормы. Редкий случай — вариант Капустянченко с дополнительным -ч-, но это скорее искажение при записи, чем самостоятельная форма.

Фамилия не имеет отношения к дворянским родам — это типичная фамилия сельского населения, где прозвище по роду занятий или внешности было естественным способом идентификации человека в общине.