Фамилия Карабун — редкий пример, когда прозвище или имя человека почти наверняка уступило место географическому указателю. Её основа — не личное имя и не профессия, а топоним: местечко Карабуна в бывшей Бессарабской губернии, Аккерманского уезда. Сейчас это территория на юге Молдавии или Одесской области Украины, хотя точные границы и название за несколько веков изменились до неузнаваемости.

История этого селения даёт ключ к пониманию фамилии. В XVI веке Карабуну захватили крымские татары и превратили в складской пункт для добычи, награбленной во время набегов. Именно тогда поселение получило второе, ныне забытое название — Ствол (возможно, от тюркского «ствол» в значении «склад» или «хранилище»). Позже, в XVIII веке, во время русско-турецких войн, Ствол не раз разоряли. После Бухарестского мира 1812 года татары покинули эти места, а опустевшее селение заселили молдаване, а затем малороссы (украинцы), евреи и великороссы. Близ местечка сохранились остатки древнего земляного укрепления — ещё одно напоминание о бурном прошлом этих земель.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ун в русских и украинских фамилиях типичен для прозвищ (хохотун, говорун), но здесь он прирос к топонимической основе «Караб-». То есть Карабун — это «выходец из Карабуны». Такую фамилию мог получить либо сам переселенец, либо его дети, когда семья перебралась в другое место и односельчанам нужно было отличать «карабуновских» от местных.

В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Карабун — чисто топонимическая. Она не имеет отношения к тюркскому слову «кара» (чёрный) напрямую: связь идёт через название поселения, а не через личное качество. Носители фамилии, скорее всего, потомки тех самых переселенцев XIX века — молдаван или малороссов, осевших в Бессарабии. Фамилия редкая, встречается в основном на юге Украины, в Молдавии и среди потомков бессарабских эмигрантов.