Фамилия Карачаев образована от прозвища Карачай, которое, скорее всего, восходит к тюркскому слову «karaca», что переводится на русский язык как «темноволосый, смуглый», либо к «qaracy» - «верный слуга, наблюдатель», «пехотинец». Таким образом, прозвище Карачай могло указывать как на внешние особенности, так и на род занятий предка. Таким образом, потомок человека, которого звали Карачай, со временем получил фамилию Карачаев.