Фамилия Караксин образована от прозвища Каракса. В основе лежит эрзянское слово «каракш» — «глаз». Так могли прозвать человека с большими или выразительными глазами, а возможно, и зеваку, то есть слишком любопытного. Здесь интересен фонетический сдвиг: конечный звук «ш» в процессе бытования заменился на «с», и прозвище Каракса закрепилось в обиходе, а затем легло в основу фамилии.

С точки зрения словообразования фамилия построена по самой распространённой русской модели: к основе на -а добавили патронимический суффикс -ин. Такие фамилии обычно означали «чей?» — то есть сын или потомок Караксы. Суффикс -ин характерен для основ, оканчивающихся на -а или -я, и встречается у фамилий, ведущих происхождение из северных и центральных регионов России, где эта модель преобладала над -ов.

Эрзянский след указывает на вероятную географию: предки носителя фамилии могли жить на территории современной Мордовии, в Нижегородской, Пензенской или Самарской областях — в зоне расселения эрзи. Фамилия могла возникнуть в среде русско-эрзянского двуязычия, когда прозвище из местного языка перешло в русскую антропонимию с минимальной адаптацией.

Других версий происхождения немного. Случайное совпадение с тюркским «кара» («чёрный») маловероятно: в таком случае мы ожидали бы форму Караксин или Караксов, а суффикс -ин при тюркских основах встречается реже. Так что эрзянская гипотеза остаётся основной и наиболее обоснованной.