Фамилия Каралюн — редкий пример того, как балтийское слово стало основой для русского родового имени. Прозвище Каралюн восходит к латышскому karaliūnas — «королевич, царевич, принц». Вряд ли предок носителя фамилии был королевской крови: скорее всего, так в шутку или с оттенком почтения называли статного, гордого человека, либо того, кто держался по-хозяйски.

Не исключено, что Каралюн бытовало и как личное имя. В этом случае оно встаёт в один ряд с европейскими формами имени Карл: польским Каролин, чешским Карел, итальянским Карло. Само имя Карл выводят из древнегерманского karl — «мужчина» (в древнескандинавском — «свободный человек»). Так что, если смотреть на цепочку, фамилия Каралюн в конечном счёте означает нечто вроде «сын свободного человека» или «потомок мужчины».

Фамилия строится по модели, нехарактерной для русских фамилий на -ов/-ев и -ин. Суффикс -юн редок, встречается в основном в западных русских говорах и в белорусской ономастике. Это указывает на регион, где фамилия могла возникнуть: скорее всего, западные или северо-западные губернии Российской империи — территория современной Беларуси, Латвии или Псковщины, где латышские и славянские языки веками соприкасались.

Однокоренных фамилий в русском языке почти нет. Ближайшие параллели — белорусская Каралюн (с тем же значением) и польская Karolun. Встречаются также варианты написания: Каралюн, Каралюнн, но основная форма закрепилась с одной «н». В дореволюционных метриках фамилию могли записывать на слух — как Каралюнъ или Королюн, что сближает её с русским словом «король», но исходное латышское karaliūnas указывает именно на балтийский корень.