Фамилия Карапоткин — редкая и с неочевидной на первый взгляд основой. В ней слышится что-то южное или восточное, но на деле корень почти наверняка славянский, хотя и нестандартный.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Карапоткин, то есть сын или потомок Карапотки). Основа — прозвище Карапотка. В русских говорах, особенно южнорусских и украинских, «карапотка» или «карапот» — это человек, который всё делает медленно, с трудом, копается. Глагол «карапотеть» означал «мешкать, возиться, делать с напряжением». Прозвище давали нерасторопному или чрезмерно старательному, но медлительному работнику.

Версия о связи с тюркским «кара» (чёрный) маловероятна: в фамилии нет типичного тюркского суффикса, а окончание «-отка» характерно именно для славянской экспрессивной лексики (ср. «копотка», «воркотка»). Географически фамилия тяготеет к Курской, Воронежской, Ростовской областям — зоне перехода великорусских говоров в украинские, где слово «карапотка» фиксируется в диалектных словарях.

Интересная деталь: в дореволюционных метрических книгах встречается вариант Карапотков — с суффиксом -ов, что типично для фамилий, образованных от полной формы прозвища (Карапоток). Карапоткин — более редкая «семейная» форма, указывающая на конкретного Карапотку, главу рода. Социально это фамилия крестьянская или мещанская: прозвища по характеру или манере работы давали в среде, где труд был главным мерилом человека. Никаких дворянских родов с такой фамилией не известно.