Фамилия Карапотин — редкая и неочевидная по происхождению. Её основа не связана с распространёнными славянскими корнями, а суффикс -ин указывает на то, что фамилия образована от прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я. В центре внимания — слово «Карапота», которое могло быть либо прозвищем человека, либо диалектным названием.

Скорее всего, корень «карапот» — это искажённое или диалектное заимствование. Наиболее правдоподобная версия связывает его с тюркскими языками, где «кара» означает «чёрный», а «пот» или «бот» — «нога» или «бедро». В таком случае прозвище «Карапота» могло относиться к человеку с тёмными ногами, грязнуле, или же быть метафорическим — «чёрный след», «тяжело ступающий». В русских говорах, особенно на юге и в Поволжье, подобные тюркизмы не редкость.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с глаголом «карапотеть» (становиться шершавым, корявым) или существительным «карапот» (заусенец, шероховатость). В этом случае прозвище дали человеку с грубой кожей или неаккуратному в работе. Однако эта гипотеза слабее, так как такие слова плохо фиксируются в словарях и скорее являются местными говорами.

По модели образования фамилия Карапотин — типичная «патронимическая» (по отцу): сын Карапоты. Носители фамилии исторически концентрировались в центрально-чернозёмных областях России и в Поволжье, где активно смешивались славянские и тюркские диалекты. В дореволюционных переписях фамилия встречается в Воронежской и Тамбовской губерниях, что подтверждает версию о южнорусском или степном происхождении.

Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или мещанской. Фамилия не звучит как дворянская или купеческая, а её редкая и «простая» основа указывает на бытовое прозвище, данное в сельской среде. Известных исторических деятелей с фамилией Карапотин не зафиксировано, что делает её особенно ценной для локальной генеалогии.