Фамилия Карчушкин — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с диалектной лексикой. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Карчушкин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Карчушка. Само прозвище образовано от слова «карч» или «карча».

В русских говорах (особенно северных и сибирских) «карч» — это коряга, пень, дерево, вывороченное с корнем, или даже целое дерево, затонувшее в реке. «Карчушка» — уменьшительно-ласкательная или пренебрежительная форма. Прозвище могли дать человеку коренастому, крепкому, неуклюжему, похожему на корягу, либо тому, кто жил у реки, где было много карчей, или занимался их выкорчевыванием. Вторая, менее вероятная версия — связь с тюркским «карчы» (старик, уважаемый человек), но для фамилии с типично русским суффиксальным оформлением это выглядит натяжкой.

Слово «карч» фиксируется в памятниках письменности с XVI века, а прозвища на -ушка были очень распространены в крестьянской среде. Фамилия Карчушкин — относительно молодая, как и большинство русских фамилий на -ин, она оформилась не раньше XVII–XVIII веков. Географически она тяготеет к северным и центральным областям России, где слово «карча» было в ходу, но из-за редкости точных данных по расселению носителей судить сложно.

Интересно, что фамилия сохранила редкую для русского уха основу, не переосмысленную в более привычное «Корчушкин» (от «корчма»). Это говорит о том, что прозвище держалось стойко и не было заменено на более понятное. По сословной принадлежности предки Карчушкиных, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, возможно, лесорубами, сплавщиками или плотниками — людьми, чья жизнь была тесно связана с лесом и водой.