Фамилия Карчушкина — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Карчушкин. Эта модель образования (через суффикс -ин) указывает на принадлежность: Карчушкина буквально означает «жена или дочь Карчушкина».

В центре фамилии — прозвище или некалендарное имя Карчушка. Скорее всего, оно образовано от диалектного слова «карча» или «корча». В русских говорах «карча» — это коряга, затонувшее дерево, а также кривое, корявое дерево вообще. Человека могли прозвать Карчушкой за внешнюю сгорбленность, сутулость или за характер — «корявый», то есть неуживчивый, упрямый. Есть и более прозаичная версия: в некоторых областях «карчушка» — это небольшой крюк или багор, которым рыбаки или плотогоны цепляли коряги. Тогда прозвище могло закрепиться за ремесленником, работавшим с таким инструментом.

Словообразовательная модель с уменьшительно-ласкательным суффиксом -ушк- характерна для северных и северо-восточных регионов России. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от полных форм крестильных имён, фамилии на -ин от прозвищ с уменьшительными суффиксами типичны для крестьянской среды Архангельской, Вологодской, Вятской губерний. Поэтому предки Карчушкиных, скорее всего, жили на Русском Севере или в Поволжье, а сама фамилия — относительно поздняя, сформировавшаяся в XVII—XVIII веках, когда прозвища стали закрепляться за целыми семьями.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает понять ареал. Карчагин, Карчев, Карчков — встречаются шире, но именно форма с суффиксом -ушк- редка и говорит о локальном, «гнездовом» происхождении. В дореволюционных переписях Карчушкины могли записываться без окончания -а (то есть Карчушкин), а женская форма закрепилась как самостоятельная уже в советских паспортах, когда фамилии стали строго передаваться по наследству.