Фамилия Кархунен — чистый образец финской ономастики на русской почве. Её выдают два верных признака: суффикс -нен, который в финском языке указывает на принадлежность или происхождение (буквально «из рода такого-то»), и основа Карху-, напрямую связанная со словом karhu — «медведь». Таким образом, исходное прозвище или родовое имя Карху (Karhu) означало «Медведь», а Кархунен — «потомок Медведя», «из медвежьего рода».

В финской традиции фамилии на -нен массово закрепились в XIX веке, в эпоху национального пробуждения и составления церковных метрик. До этого многие крестьяне обходились без фамилий, пользуясь отчествами и прозвищами. Кархунен — типичная «лесная» фамилия: медведь в финском фольклоре был не просто зверем, а тотемным предком, священным животным. Прозвище Карху могли дать охотнику, силачу, человеку с бурным нравом или просто тому, кто жил в медвежьем углу. Фамилия нередко встречается в восточной Финляндии, в регионах Саво и Карелии, откуда в XIX — начале XX века шла основная миграция финнов в Российскую империю, в том числе в Петербургскую и Новгородскую губернии.

В России фамилию Кархунен адаптировали к русскому произношению, но не русифицировали — окончание осталось финским. Это отличает её от фамилий вроде Карху, которые могли переделать в Кархов. Носители Кархунен в России — это, как правило, потомки финнов-ингерманландцев, карел или переселенцев из Финляндии, осевших в Петербургской губернии, а также репрессированных в советские годы. Встречается она и в современной Финляндии, где входит в число распространённых, но не самых частых фамилий.

С точки зрения словообразования фамилия проста: корень karhu, суффикс -nen. Никаких сложных наращений или славянских суффиксов. Споров о происхождении здесь практически нет — все лингвисты сходятся на «медвежьей» версии. Альтернативные гипотезы, вроде связи с диалектным кархка (шершавый, грубый), маловероятны: финская ономастика знает десятки фамилий от названий животных (Кеттунен — от «лиса», Хирвонен — от «лось»), и Кархунен в этом ряду стоит прочно.