Фамилия Кархонен — почти стопроцентный маркер финского или карельского происхождения. В русском контексте она встречается в основном среди петербургских финнов-ингерманландцев и карелов, живших на территории бывшей Выборгской губернии или в приграничных районах Ленинградской области. Суффикс -нен — один из самых характерных для финской ономастики, он указывает на принадлежность к роду или местности, примерно как русское «-ов» или «-ин». В отличие от русских фамилий, где суффикс чаще патронимический (чей сын), в финском -нен может означать «живущий в таком-то месте» или «происходящий оттуда».

Основа фамилии — «кархо» — восходит к финскому слову karho или диалектному karhu. В литературном финском karhu — это медведь. Однако в прибалтийско-финских языках (карельском, ижорском) слово могло звучать как karho, karhi или karhu. Таким образом, Кархонен в буквальном переводе — «медвежий», «медвежатник» или «род медведя». Это не прозвище охотника на медведя (для охотников в финском есть другие слова), а скорее тотемическое имя: медведь в финно-угорской традиции — священный зверь, прародитель. Фамилия могла закрепиться за родом, который почитал медведя как своего покровителя, или за человеком, носившим личное имя Карху, которое было широко распространено в дохристианской Финляндии.

Интересная деталь: в финских фамилиях на -нен часто встречается удвоение корня, но здесь его нет. Форма «Кархонен» — это более старая, диалектная вариация. В современном финском стандарте фамилия чаще писалась бы как Karhonen (с одним «н» в суффиксе? нет, суффикс именно -nen). Но в русских метрических книгах XIX — начала XX века запись «Кархонен» фиксировала именно то, как произносили фамилию финны-ингерманландцы: с чётким «о» в корне и твёрдым «н» на конце. В отличие от, скажем, фамилии Karhunen (медвежонок), Кархонен не имеет уменьшительного оттенка — это прямая ассоциация со взрослым зверем.

Сословно носители фамилии Кархонен относились к крестьянам или мещанам. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не было — финские крестьяне получали фамилии при переходе к оседлости и ведению хозяйства, часто по названию хутора или по прозвищу главы семьи. В советское время фамилия осталась в основном у потомков ингерманландских финнов, многие из которых были депортированы в 1930–1940-е годы, поэтому сейчас Кархоненов можно встретить не только в Карелии и Ленобласти, но и в Сибири, Казахстане, Эстонии.