Фамилия Каркузаев — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной расшифровке с первого взгляда. Модель образования здесь прозрачна: суффикс -ев указывает на русскую патронимическую форму, то есть «сын Каркузая». Вопрос упирается в прозвище Каркузай.

Самая вероятная версия связывает основу с тюркскими языками. В них корень «кар» имеет значение «снег» или «белый» (сравните с караимским, кумыкским, ногайским). Вторая часть — «куз» — может означать «глаз» или «родник, источник» в разных тюркских наречиях. Прозвище Каркузай тогда могло означать «снежный глаз» (человек с бельмом на глазу, светлым пятном на радужке) или «белый родник» — метафорическое прозвище для человека с седой прядью или светлой кожей. Такая модель сложения двух тюркских корней характерна для прозвищ, которые давали по внешнему признаку.

Менее убедительна, но возможна версия от диалектного русского глагола «каркузать» — в некоторых говорах так называли картавого человека или того, кто говорит невнятно, «каркает». Однако эта версия слабее, потому что глагол редкий и не даёт естественного прозвища с суффиксом -ай, который в русском языке чаще образует имена от глаголов со значением действия (болтай, ломай, стреляй), а не от звукоподражаний.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью — регионам, где веками шёл активный контакт русского и тюркского населения. Встречается она в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской области. Это косвенно подтверждает тюркскую версию происхождения: предки Каркузаевых могли быть выходцами из казанских татар, башкир или ногайцев, принявшими православие и получившими фамилию по прозвищу старшего в роду.

В отличие от распространённых фамилий на -ов, в основе Каркузаева нет христианского имени или названия ремесла. Это фамилия-загадка, где за прозвищем стоит не профессия, а либо природная особенность человека, либо метафора, понятная только носителям тюркского наречия.