Фамилия Карлушкин — редкий пример, когда в основе лежит не имя, а прозвище, образованное от слова «карлушка». В русских говорах «карлушкой» называли низкорослого человека, карлика. Слово происходит от «карла» — того же корня, что и «карлик», но с уменьшительно-ласкательным суффиксом -ушк-. Прозвище Карлушка давали человеку маленького роста, и оно не обязательно носило обидный оттенок — в крестьянской среде такие прозвища часто закреплялись за конкретными чертами внешности.

Модель образования фамилии стандартна для северных и центральных областей России: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Карлушки». Если бы основа оканчивалась на согласный, появился бы суффикс -ов (Карлушков), но в данном случае исходное прозвище имеет окончание -а, поэтому работает модель на -ин. Такие фамилии обычно возникали в XV–XVII веках, когда отчество по прозвищу отца закреплялось за потомками.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с именем Карл. В России это имя встречалось редко, в основном у обрусевших немцев или в дворянских семьях. Однако в таком случае фамилия скорее имела бы форму Карлов или Карлович, а не Карлушкин. Уменьшительная форма Карлуша от имени Карл тоже возможна, но для неё характерен суффикс -ев (Карлушев). Поэтому версия с прозвищем от «карлушка» выглядит убедительнее.

Фамилия нечастая, её географическое ядро — вероятно, Поволжье или центральные губернии, где фиксировались говоры с этим словом. В дореволюционных переписях Карлушкины встречаются среди крестьян и мещан, что подтверждает бытовое происхождение прозвища. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия не упоминается, что говорит о её локальном характере.

Таким образом, предки носителей фамилии Карлушкин — скорее всего, крестьяне или посадские люди, один из которых получил прозвище за невысокий рост. Фамилия сохранила живую народную лексику, почти исчезнувшую из современного языка.