Фамилия Карнакбаева — женская форма фамилии Карнакбаев, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем. Чтобы понять значение, нужно разобрать её на составные части. Основа фамилии — «Карнакбай». Вторая часть, «бай», — это распространённый в тюркских языках титул или социальный маркер, означающий «господин», «богач», «хозяин». В дореволюционной Средней Азии и Казахстане «бай» указывал на состоятельного, уважаемого человека, часто — главу рода или крупного скотовладельца.

Первая часть, «Карнак», сложнее. Это может быть как личное имя, так и прозвище. В казахском и других тюркских языках есть слово «карнак» (или «карнақ») — в некоторых диалектах оно означает «толстый», «упитанный». Если прозвище дали по внешности, то «Карнакбай» — это «толстый бай» или «упитанный господин». Но есть и другая, более интересная версия: «Карнак» может быть искажением или диалектным вариантом слова «карнай» — духовой музыкальный инструмент, длинная труба. В таком случае «Карнакбай» — это «бай, который играет на карнае» или «трубач». В кочевой культуре карнай использовали для подачи сигналов, сбора народа или на праздниках, так что владелец такого прозвища мог быть глашатаем или музыкантом при знатном человеке.

Словообразовательная модель фамилии типична для южных регионов: к тюркскому имени-прозвищу на «-бай» добавили русский суффикс принадлежности «-ев» (в женском роде — «-а»). По такому же принципу образованы фамилии Куанбаев, Сапарбаев, Исламбаев. Окончание «-а» указывает на то, что носительница — женщина. Географически фамилия Карнакбаева чаще всего встречается в Казахстане, особенно в южных и западных областях, а также среди казахов, живущих в России (Астраханская, Оренбургская области). Встречается она и у башкир, что неудивительно — у них тоже распространены имена с компонентом «бай».

Сословно предки носительницы этой фамилии, скорее всего, были не из аристократии, а из зажиточных скотоводов или ремесленников. «Бай» в имени — это не столько титул, сколько пожелание богатства или указание на достаток в роду. Со временем прозвище «Карнакбай» закрепилось за потомками как фамилия, потеряв прямую связь с профессией или внешностью первого носителя. Спор о значении корня «карнак» остаётся открытым: версия с «карнаем» (трубой) выглядит более специфичной и редкой, а значит, может точнее указывать на уникальное прозвище, чем просто «толстый».