Фамилия Карнакова — женская форма фамилии Карнаков. В её основе лежит прозвище или мирское имя Карнак. Самая прямая версия связывает его с диалектным глаголом «корнать» — «обрезать, остригать, укорачивать». Отсюда напрашивается вывод о роде занятий: предок мог быть портным, скорняком или цирюльником. Но не обязательно ремесленником: в некоторых говорах «корный» означало «малорослый, низкий, короткий». Тогда Карнаком прозвали невысокого, приземистого человека — по внешнему признаку, без привязки к профессии.

Менее правдоподобна, но всё же встречается в рассуждениях о фамилии версия «семинарская». Якобы фамилию дали ученику духовного училища по названию египетского селения Карнак — деревни в двух с половиной километрах к северу от Луксора, на месте древних Фив. Карнак занимает часть территории храма Амона-Ра, Ипет-Исут, строившегося с XX века до н. э. и бывшего главным святилищем Нового царства. Соблазн связать русскую фамилию с древнеегипетским топонимом велик, но для крестьянской или мещанской среды, где фамилия Карнаков и возникла, такое книжное происхождение маловероятно. География бытования фамилии (Центральная Россия, Поволжье) тоже говорит в пользу «корнать»: в этих краях слово было в ходу.

Суффикс -ов (Карнак → Карнаков) указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — «сын Карнака». Женская форма Карнакова, соответственно, означает «дочь или жена Карнакова». Встречается и вариант написания с буквой «о» в корне — Корнаков, что прямо подтверждает связь с «корнать». Так что основная версия — прозвище по занятию или внешности — остаётся самой надёжной.