Фамилия Карнаков — одна из тех, где за простым звучанием скрывается сразу несколько возможных историй, и выбрать единственную не всегда просто. Самая прямая версия ведет к глаголу «корнать», то есть обрезать, укорачивать, стричь. Если держаться этого корня, то предком носителя фамилии мог быть портной, скорняк или парикмахер — человек, чье ремесло было связано с отрезанием лишнего. В русских говорах встречается и прилагательное «корный» — низкий, малорослый. В этом случае прозвище Карнак давали приземистому, невысокому мужчине, и фамилия описывала уже внешность, а не занятие.

Менее правдоподобна, но любопытна «семинарская» версия. Согласно ей, фамилию могли дать в духовном училище или семинарии по названию египетской деревни Карнак. Это место в двух с половиной километрах от Луксора, где стоит знаменитый храм Амона — Ипет-Исут, строившийся с XX века до нашей эры. Семинаристам нередко присваивали «красивые» фамилии по библейским или античным топонимам, и Карнаков мог появиться на свет за письменным столом наставника. Однако против этой версии говорит то, что фамилия встречается в основном в крестьянской и мещанской среде, где такие книжные прозвища были редкостью. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: сначала было прозвище Карнак, а потом его потомки стали Карнаковыми. Географически фамилия рассредоточена по центральным и южным областям России, что тоже больше соответствует бытовому, а не искусственному происхождению.