Фамилия Карнатов — редкий случай, когда географическая привязка проясняет происхождение лучше, чем попытка отыскать прозвище или ремесло. Скорее всего, её корни ведут не в глубь веков, а на карту: к южнорусским и украинским говорам. Основа «карнат» — это искажённое «корнет», военный чин в кавалерии, существовавший в русской армии до 1917 года. Соответственно, Карнатов — потомок корнета, то есть младшего офицера. Переход «о» в «а» под аканьем (южное произношение) и замена «е» на «а» в безударном слоге — типичная народная этимология, когда непонятное слово «корнет» переосмыслили на слух.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель: сын корнета. Но в украинской среде фамилия могла закрепиться и как Карнатенко, а Карнатов — её русифицированный вариант. Встречается она в основном в Воронежской, Ростовской областях и на Кубани — регионах, где в XIX веке активно расселялись бывшие военные и казаки. Если предки были из этих мест, версия с офицерским чином становится почти бесспорной.

Менее вероятная, но возможная версия — от прозвища Карнат, которое могло произойти от диалектного «карнать» (резать, кроить небрежно, кромсать). В таком случае прозвище дали портному или человеку с резкими, рублеными движениями. Однако военная гипотеза выглядит убедительнее: фамилии, образованные от воинских званий (Майоров, Полковников, Есаулов), — массовое явление, а «карнат» в значении «плохой портной» — единичная диалектная лексема, которая вряд ли дала бы устойчивую фамилию.

В дворянских родословных книгах Карнатовы не числятся. Фамилия — поздняя, скорее всего, солдатская или казачья: её носители не владели крепостными, а служили. Это объясняет и её относительную редкость, и размытую географию. Если ваши предки — донские или кубанские казаки, то Карнатов — прямое указание на то, что в семье был корнет, то есть офицер низшего ранга, командовавший взводом.