Фамилия Карнатовский — типичный пример фамилии, созданной по географическому принципу. Суффикс -ский указывает на дворянское или польское происхождение, но в российской действительности такие фамилии часто давали выходцам из духовенства, а также крестьянам, переселившимся из другого места. Основа «Карнатов» — это топоним, то есть название населённого пункта. Скорее всего, предок носителя фамилии был выходцем из села или местечка под названием Карнатово, Карнатовка или Карнатов. Такие названия встречаются в Беларуси, на Украине и в западных регионах России.

Корень «карнат» в славянских языках имеет несколько возможных значений. Самое прямое — «карнатый» в польском и белорусском диалектах означает «короткий», «обрубленный». Прозвище Карнатый могли дать человеку невысокого роста или с какой-то физической особенностью, например, с отсутствием пальца. От этого прозвища образовалось название деревни, а от неё — фамилия. Менее вероятная, но тоже возможная версия — связь с южнославянским словом «карнат», означающим «скалистый» или «каменистый» (от карст, карниз), но для центральной России это менее характерно.

Интересная деталь: фамилия Карнатовский не входит в число самых распространённых, но имеет чёткую географическую привязку. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках носители фамилии чаще всего фиксировались в Могилёвской, Витебской и Киевской губерниях. Это подтверждает версию о белорусско-украинском происхождении. Если предок был священником, то фамилия могла быть дана при поступлении в семинарию по названию родного села — обычная практика для духовного сословия XIX века.

Поскольку суффикс -ский в крестьянской среде был редкостью, можно предположить, что основатель рода либо принадлежал к мелкопоместной шляхте (в Речи Посполитой такие фамилии были нормой), либо получил фамилию уже в XIX веке при переписи, когда чиновники «облагораживали» звучание. В любом случае, Карнатовский — это не прозвище по профессии или характеру, а «территориальный маркер», который указывает на конкретное место, откуда пошёл род.