Фамилия Карнаткина — женская форма фамилии Карнаткин, и её разумно начинать с разбора мужского варианта. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Карнатка. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Карнаткин буквально значит «сын Карнатки» или «человек из рода Карнатки». Такая модель типична для северных и центральных русских областей, где фамилии на -ин образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я.

Корень «карнат-» вызывает несколько версий, и самая вероятная связана с глаголом «карнать» — в диалектах так говорили про обрезание, стрижку неровно, коротание. В словаре Владимира Даля «карнать» значит «стричь, обрезывать, кроить как попало». Прозвище Карнатка могли дать портному, неумелому стригалю овец, либо человеку с коротко остриженными волосами — в некоторых говорах «карнатый» означало «курносый» или «обрубленный». Менее убедительна версия о связи с тюркским «карнак» (слуга, работник), так как суффикс -к- в русских прозвищах чаще указывает на уменьшительность, а не на заимствование.

Фамилия редкая, её географическое распространение сосредоточено в Поволжье и на юге России: есть записи в Самарской, Саратовской, Волгоградской областях. Это не случайно — диалект «карнать» активнее всего бытовал именно в южнорусских и среднерусских говорах. Встречаются варианты написания «Корнаткина» (от «корнать» — то же значение, но с другим корневым гласным), что подтверждает народную этимологию.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская: прозвища от ремесленных и бытовых действий редко встречались у дворян и духовенства. За XVIII–XIX века носители фамилии фиксируются в ревизских сказках как государственные крестьяне и однодворцы — потомки служилых людей, осевших на южных рубежах. Таким образом, предки Карнаткиных могли быть либо портными, либо людьми с характерной внешностью (коротко стриженные или курносые), и фамилия закрепилась за ними по прозвищу основателя рода.