Фамилия Карнаткин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с внешностью или особенностью поведения. Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а корень «Карнатк-» восходит к прозвищу Карнатка. В русских говорах, особенно в южных и западных регионах, «карнатый» или «карнатка» означало человека с укороченным, обрубленным носом, либо того, кто ходит в обносках, короткой одежде (от «карнать» — резать, укорачивать). Таким образом, первый носитель фамилии получил её за характерную деталь облика или манеру одеваться.

Словообразовательная цепочка здесь нестандартная. Если бы фамилия образовалась напрямую от прилагательного «карнатый», мы бы ждали форму Карнатов или Карнаткин, но промежуточная ступень — прозвище Карнатка — суффикс -к- придаёт ему уменьшительно-пренебрежительный оттенок. Это типично для деревенской среды, где прозвища часто «укорачивали» имена или черты характера. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давались по отцу, Карнаткин мог закрепиться за целым родом, где прозвище стало родовым.

География фамилии узкая. Основные очаги — Рязанская, Тамбовская и Пензенская области, а также юг Нижегородчины. В этих краях диалектное слово «карнать» было в ходу, и фамилия не получила широкого распространения на север или в Сибирь. Это значит, что предки, скорее всего, были оседлыми крестьянами или однодворцами, а не переселенцами.

В ономастических словарях (например, у Б. Унбегауна) фамилия не упоминается среди массовых, что подтверждает её локальный характер. Спорных версий две: связь с литовским «karnas» (кора дерева) или с тюркским «карнак» (младший родственник). Обе гипотезы слабые — нет ни исторических миграций, ни диалектной подпитки в тех регионах, где фамилия встречается. Правдоподобнее всего остаётся «русская укорачивающая» основа.

Интересная деталь: в метрических книгах XIX века фамилия иногда фиксировалась как Карнаткинъ, но встречается и вариант Карнатков — с суффиксом -ов вместо -ин. Это указывает на то, что в некоторых семьях прозвище осмысляли не как «сын Карнатки», а как «из рода Карнатка», что даёт редкий пример колебания патронимической модели.