Фамилия Карнаковы (и её мужская форма Карнаков) образована от личного прозвища. В её основе — глагол «корнать», то есть «обрезать, остригать, укорачивать». Такое прозвище — Карнак — мог получить человек по роду занятий: портной, закройщик или парикмахер. Но есть и другая возможность: в диалектах встречается слово «корный» — «малорослый, низкий, короткий». Тогда Карнаком называли приземистого, невысокого мужчину. Обе версии укладываются в типичную русскую модель прозвищ, описывающих внешность или профессию.

Менее правдоподобна, но всё же упоминается «семинарская» версия: будто фамилия происходит от топонима Карнак — египетской деревни рядом с Луксором, на месте древних Фив. Эта гипотеза слабая, потому что искусственные фамилии из библейской или античной географии давали в духовных училищах, но Карнак — не хрестоматийное название вроде Иерусалима или Афин. Скорее всего, перед нами исконно русское прозвищное имя, а не книжное заимствование.

Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ов, что типично для центральных и северных регионов России. Это указывает на то, что предок носителя фамилии был известен под прозвищем Карнак, а его дети и внуки стали Карнаковыми. О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно, но её словообразовательная модель и корень не оставляют сомнений в русском происхождении.