Фамилия Карноушенко звучит нарочито длинно для южнорусской модели, но это не случайное стечение слогов. В ней спрессовалась цепочка из трёх суффиксов, каждый из которых отвечает за свой сдвиг в значении. Основа — «карноух» или «карноухий». В южных и западных говорах «карный» означало «короткий», «обрубленный», а «ухо» — очевидная часть тела. Прозвище Карноух давали человеку с укороченным, повреждённым или отсутствующим ухом — либо от природы, либо после драки или наказания. Слово фиксируется в исторических документах: в запорожских реестрах XVII века встречается казак Карноух, и это прямое указание на внешний признак, а не на характер.

Далее сработала тройная суффиксация. Сначала фамилию строили по украинской модели: от прозвища Карноух образовали патроним Карноушенко — буквально «сын Карноуха». Суффикс -енко в XVII–XVIII веках был главным маркером принадлежности к казацкой или крестьянской среде на Левобережье и Слобожанщине. Однако в фамилии есть лишнее звено: основа «Карноуш-» вместо ожидаемого «Карноух-». Это результат фонетического смягчения: звук [х] перед суффиксом перешёл в [ш] (как в парах «грех — грешен», «ухо — ушной»). Так из Карноухенко получилось Карноушенко.

Встречаются и варианты с другим акцентом: Карноу́шенко или Карноуше́нко. Первый ударный вариант тяготеет к центральным областям Украины, второй — к Полтавщине и Черниговщине. В русском написании фамилия могла закрепиться с буквой «о» во втором слоге (Карноушенко), хотя в украинской транскрипции логичнее было бы «Карнушенко» — через «у» в корне. Но письменная фиксация в метриках часто шла «на слух», и писарь записывал так, как произносил местный священник.

Родственных фамилий в том же гнезде много: Карноухов, Карноух, Карнухин, Карнаухов (с перестановкой гласных). Все они восходят к одному прозвищу, но Карноушенко стоит особняком из-за тройного суффикса — это самая «длинная» производная форма. Носители фамилии, скорее всего, происходят из казацких родов Черниговской, Полтавской или Харьковской губерний, где суффикс -енко был всеобщим, а прозвища по телесным приметам — обычным делом. Сословно это, вероятнее всего, потомки реестровых казаков или государственных крестьян, а не дворянства — дворянские фамилии на -енко в этой форме почти не встречаются.