Фамилия Карнухина образована от прозвища или мирского имени Карнуха. В русской ономастике суффикс -уха часто указывает на носителя яркого внешнего или поведенческого признака (сравните: Грязнуха, Вертуха, Толстуха). Основа «карн-» в диалектах имеет несколько значений, и здесь стоит разобраться с вариантами, чтобы не уйти в ложную, хоть и красивую, версию.

Самое правдоподобное объяснение лежит в севернорусских и сибирских говорах, где «карной» называли человека с поврежденным носом или переносицей — от слова «карнать», то есть обрезать, укорачивать. Карнухой могли прозвать того, кто лишился части носа в драке или из-за болезни (например, сифилиса, который в старину разрушал носовую перегородку). Прозвище некрасивое, но в крестьянской среде его давали без злого умысла — по заметной примете, и оно закреплялось за родом. Фамилия на -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Карнухин, то есть сын или потомок Карнухи.

Менее вероятная, но встречающаяся в любительских этимологиях версия связывает Карнуху с тюркским «кара» (черный) и русским суффиксом. Однако для фамилий на -уха такое смешение нетипично: тюркские основы обычно дают формы на -ов/-ев (Караев, Карнуков). Кроме того, в русских писцовых книгах XVI–XVII веков фиксируется именно прозвище Карнуха, а не заимствованное имя.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России: Архангельской, Вологодской, Костромской, а также к Уралу, куда переселенцы принесли говор. Встречается и вариант Карнухин (с ударением на второй слог), что связано с местными акцентологическими нормами. В дореволюционных источниках носители фамилии — в основном крестьяне и мещане, реже однодворцы. Связи с дворянскими родами или известными историческими персонажами у Карнухиных нет.

Таким образом, фамилия Карнухина — это не искаженное имя и не указание на профессию, а прозвище по физической особенности, закрепившееся за родом из северных или центральных губерний. Искать её корни стоит не в книжных перечнях, а в диалектных словарях русского языка, где «карноухий» и «карнатый» описывают человека с обрубленным или кривым носом.