Фамилия Карнухин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: с помощью суффикса принадлежности -ин. Этот суффикс указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, был сыном или потомком человека по прозвищу или имени Карнуха. В основе фамилии лежит некалендарное (не церковное) имя или прозвище, что типично для значительного пласта русских фамилий, возникших в крестьянской и посадской среде.

Прозвище Карнуха, от которого пошла фамилия, звучит как уменьшительная или уничижительная форма. Его корень — «карн-», который, скорее всего, восходит к диалектному слову «карный», то есть «наказанный», «провинившийся». В говорах русского Севера и Сибири «карный» означало «плохой», «негодный», «испорченный». Таким образом, Карнухой могли прозвать человека с трудным характером, неудачника или того, кто понес какое-то наказание. Вторая, менее распространенная версия, связывает прозвище с тюркским корнем «кара» — «черный», но в этом случае ожидалась бы форма «Каранухин» или «Караухин», поэтому славянское происхождение выглядит более убедительным.

Интересно, что фамилия Карнухин не относится к числу широко распространенных дворянских или боярских родов. Она встречается преимущественно в центральных и южных областях России, а также в Поволжье. Это указывает на то, что её носители были, скорее всего, государственными или помещичьими крестьянами, реже — мещанами. В дореволюционных переписях и ревизских сказках фамилия фиксируется с XVIII века, что говорит о её достаточно раннем закреплении, но без выхода в высшие сословия.

Словообразовательная модель с суффиксом -ин характерна для фамилий, образованных от основ на -а, -я. Карнуха — типичный пример такой основы. Родственные фамилии, построенные по тому же принципу: Карнаухов (от «карнаухий» — человек с изуродованным ухом), Карпов (от имени Карп). Но Карнухин стоит особняком, так как в его основе не физический недостаток, а скорее моральная или социальная характеристика, что делает эту фамилию более редкой и содержательной с точки зрения истории прозвищ.