Фамилия Курнухин звучит как типичный «внутренний» патроним, образованный от прозвища или имени, которое почти наверняка связано с диалектным словом «курну́ть» — однократно покурить, затянуться табаком. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Курнухи. Так называли человека, который часто или жадно курил, возможно, имел привычку делать короткие, частые затяжки. В северных и сибирских говорах слово «курну́ть» фиксируется именно в этом значении, и фамилия Курнухин географически чаще встречается в Поволжье и на Урале — там, где табакокурение в крестьянской среде было повсеместным, а прозвища давали по заметной бытовой черте.

Менее вероятная, но возможная версия отсылает к глаголу «ку́рнуть» (ударить, стукнуть) — в таком случае прозвище Курнуха мог получить драчун или задира. Однако эта основа редка, и ономасты (к примеру, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях» разбирает похожие случаи на -ухин) склоняются к табачному корню, так как суффикс -ух- в прозвищах часто образует экспрессивные формы от глагольных основ: «питух» (пьяница), «свистух» (свистун) — и «курнух» (курильщик) вписывается в этот ряд.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения за пределами русского этноса: в украинских или белорусских списках она почти не встречается, тогда как в метрических книгах XIX века по Саратовской и Вятской губерниям Курнухины фиксируются регулярно. Это говорит о том, что прозвище возникло локально, скорее всего, в среде государственных крестьян, где табак не был редкостью, а курение — заметным отличием. Дворянских родов с такой фамилией нет, и в сословных списках она не поднималась выше купечества или мещанства.

По написанию фамилия устойчива: варианты «Курнюхин» или «Курнаухин» — результат народной этимологии или ошибок переписчиков, но основная форма закрепилась как Курнухин. Сегодня носителей немного, и фамилия остаётся редкой, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы Курнухин, ваши предки почти наверняка — русские крестьяне из северо-восточных регионов, а прозвище родоначальника было связано с его привычкой «курнуть».