Фамилия Курнин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: основа + суффикс -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Курнин — «сын Курни» или «человек из семьи Курни». Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Курня. Вопрос в том, что именно оно означало.

Самая прямая версия связывает Курню с глаголом «курнуть» — однократно затянуться дымом, покурить. В диалектах «курня» могли называть любителя табака или человека, который постоянно что-то курит, дымит. В крестьянской среде, где табак не был повсеместным, такое прозвище выделяло человека по привычке. Есть и другая, менее очевидная линия: в южнорусских говорах «курня» — это курятник или место, где держат кур. Тогда прозвище мог получить хозяин курятника или птицевод. Третья версия — связь со старым словом «курной» (дымный, закопчённый, от «курная изба» — дом без трубы, топившийся по-чёрному). Прозвище Курня могло закрепиться за тем, кто жил в такой избе или имел отношение к печному делу.

С точки зрения географии фамилия Курнин встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Костромской, Ярославской. Это косвенно подтверждает версию о «дымном» корне: курные избы дольше всего сохранялись именно на Русском Севере. В южных регионах фамилия редка, что делает версию о «птицеводе» менее вероятной — она не подкреплена ареалом бытования.

Однокоренных фамилий несколько, и они помогают понять модель. Курнов — вариант с другим суффиксом (притяжательный -ов вместо -ин). Курнаков — от прозвища Курнак, которое, в свою очередь, могло быть производным от той же основы. Есть и фамилия Курнеев — от имени Курней (сравните с Корней, но с другим гласным). Все они восходят к одному смысловому гнезду, но Курнин — самая прямая и короткая форма.

В дореволюционных переписях носители фамилии Курнин чаще всего числились государственными крестьянами и мещанами. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано, что типично для фамилий, образованных от бытовых прозвищ, а не от имён святых или знатных родов. Сегодня фамилия редкая, но не исчезающая — её можно встретить в разных регионах России, чаще всего в небольших городах и сёлах.