Фамилия Карнюхина, как и многие русские фамилии, начинается с имени. В её основе лежит просторечная форма Корнюха, которая в свою очередь образована от крестильного имени Корнелий. Латинское слово «cornu» означает «рог», так что имя Корнелий переводится как «рогатый» или «человек с рогом» — в античной традиции это не было обидным прозвищем, а указывало на силу или изобилие (рог изобилия). В русском быту полное церковное имя почти не употреблялось среди крестьян и горожан, зато его уменьшительные варианты — Корнюха, Корнюша, Корней — были повсеместно распространены. Именно от такого обиходного имени и пошла фамилия.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Карнюхина — буквально «жена или дочь Карнюхи», но в фамильной традиции закрепилась как родовое прозвание. По модели образования это типичная «матронимическая» или, точнее, «патронимическая» фамилия, но с характерным для русского Севера и Поволжья окончанием. Встречается она в основном в центральных и северных областях России, особенно в бывших вотчинах Новгорода и в Вятском крае, где фамилии на -ухин (-юхин) вообще не редкость.

Сословно Карнюхины, скорее всего, происходили из крестьян или посадских людей. В документах XVII–XVIII веков имя Корнюха встречается именно среди тяглового населения — крепостных крестьян, ремесленников, стрельцов. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её «простонародное» происхождение. Потомок человека по прозвищу Корнюха со временем получал фамилию Карнюхин, а в женском варианте — Карнюхина.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «корнюха» могло означать не только имя, но и прозвище упрямого или коренастого человека — от диалектного «корный» (крепкий, коренастый). Это добавляет ещё один возможный смысловой слой, хотя основная версия остаётся именной. Так что носительница фамилии Карнюхина может считать своим далёким предком человека, которого звали Корнюхой — либо по имени, либо по характеру.