Основой фамилии Карнюхин послужило имя Корнюха. Фамилия Карнюхин образована от крестильного имени Корнелий (в переводе с латинского языка – «рог»). В основе фамилии лежит его просторечная форма Корнюха. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Корнюха, со временем получил фамилию Карнюхин.