Фамилия Карнюхин — из числа тех, что произошли от крестильного имени, но с интересным фонетическим сдвигом. За основу взяли просторечную форму канонического имени Корнелий (от латинского «cornu» — «рог»). В русских говорах имя Корнелий, а точнее его уменьшительно-обиходный вариант Корнюха, в некоторых регионах произносили как «Карнюха» — с аканьем, то есть с заменой безударного «о» на «а». Так и закрепилось в фамилии: не Корнюхин, а Карнюхин.

Модель образования простая и типичная для восточнославянских фамилий: суффикс -ин добавляли к основе, оканчивающейся на -а. Карнюха — человек, носивший это прозвище или нецерковное имя, а его дети становились Карнюхиными. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Карнюхин», то есть сын Карнюхи.

Время возникновения фамилии установить точно не получится: процесс закрепления фамилий у разных сословий растянулся на несколько столетий. Карнюхины могли появиться и в XVII веке среди крестьян или посадских, и позже — у однодворцев южных губерний. В любом случае, фамилия сохранила живую народную речь: имя, которое звучало в повседневном обиходе, а не в церковных святцах.