Фамилия Корнюхины ведет начало от имени или прозвища Корнюха. Чаще всего так в быту называли человека, носившего крестильное имя Корнелий. Оно пришло из латыни, где cornu означает «рог». В народной речи имя Корнелий переделали в более привычное Корнюха — так появилась основа для фамилии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Корнюхин буквально значит «сын Корнюхи». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имен и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. По своему строению Корнюхин стоит в одном ряду с фамилиями Кузьмин, Ильин, Фомин.

Есть и другая версия, менее распространенная, но заслуживающая внимания. В южных и западных говорах «корнюха» могло означать человека коренастого, плотного, с крепкой фигурой — от слова «корень». В этом случае фамилия отражает не имя, а внешнюю особенность или характер предка. Обе версии возможны, но первая — от имени Корнелий — встречается чаще и подтверждается данными ономастических словарей.

Фамилия Корнюхин — не редкая, но и не массовая. Она встречается преимущественно в центральных областях России и в Поволжье. Вариант с окончанием -ы (Корнюхины) указывает на множественное число и типичен для фамилий, которые закрепились за целым родом или семьей в документах XIX–XX веков.

Как и многие русские фамилии народного типа, Корнюхин не имеет отношения к дворянским родам или знатным сословиям. Это фамилия крестьянская или мещанская, что делает её ценным свидетельством живой разговорной традиции. В ней сохранилась та просторечная форма имени, которая в официальных документах почти не фиксировалась, но бытовала в семьях веками.