Фамилия Корныхин — один из тех случаев, когда народная речь застыла в письменной форме, сохранив звучание, далёкое от книжного. В её основе лежит не церковное имя, а прозвище или мирское имя Корныха. Это слово — производное от «корноухий» (с обрезанным, куцым ухом). В диалектах «корноухий» означало не только физический недостаток (отсутствие или повреждение уха), но и, в переносном смысле, — человека с норовом, упрямца или того, кто не слышит чужих советов. Реже «корныхой» могли назвать лошадь или собаку с купированным ухом, а прозвище затем переходило на хозяина.

Модель образования типична для северных и центральных русских говоров: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — сын Корныхи. В документах XVI–XVII веков встречаются прозвища Корноух, Корноухий, а форма Корныха — это результат редукции и стяжения, характерного для живой устной речи. Аналогично появились фамилии Корноухов, Корноухих, но Корныхин стоит особняком — она короче, звучит более «домашне» и могла закрепиться в условиях, где фамилии ещё не были строго унифицированы.

Географически фамилия тяготеет к Вятке и Пермскому краю. В переписях населения XIX века Корныхины фиксируются среди государственных крестьян и мастеровых уральских заводов. Социальный контекст — податное сословие, без дворянских корней. Примечательно, что в некоторых записях фамилию писали через «а» — Карныхин, что говорит о характерном для тех мест аканье и ещё раз подтверждает народное, а не книжное происхождение.

Если сравнивать с однокоренными, то Корныхин — более редкий и локальный вариант, чем, скажем, Корноухов. Последний встречается чаще, так как образован от полного прилагательного, а не от краткой обиходной формы. Таким образом, предок носителя фамилии Корныхин — человек, которого в деревне знали по характерной примете или по упрямому нраву, и это прозвище закрепилось за его родом на века.