Фамилия Корнин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Корнин значит «сын Корни» или «человек из рода Корни». Исходное имя или прозвище Корня — это производная форма от канонического крестильного имени Корнилий (в просторечии — Корней). Усечение Корня вместо Корней — характерная черта народной речи, где конечный -й нередко отпадал, а само имя получало более «простое» звучание.

Гораздо реже, но возможна и другая версия: прозвище Корня могли дать человеку с каким-то дефектом речи (например, картавому) или, напротив, тому, кто постоянно «корнел» над работой — то есть корпел, сидел согнувшись. В этом случае фамилия уходит корнями не в церковное имя, а в глагол «корпеть» или диалектное «корнить» — гнуть, корчить. Однако эта гипотеза менее вероятна: подавляющее большинство фамилий на -ин в русском языке восходит к именам собственным, а не к глагольным основам.

Географически фамилия Корнин тяготеет к центральным и южнорусским областям. Встречается она нечасто, что объяснимо: имя Корней (Корнилий) никогда не было настолько популярным, как, скажем, Иван или Пётр. Зато в некоторых регионах, особенно в Курской, Воронежской и Рязанской губерниях, фамилия фиксируется в метрических книгах XIX века — там местные говоры активно укорачивали полное имя до формы Корня.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Корнеев, Корнилов, Корнюхин — показывает, что Корнин стоит в том же ряду, но с другим суффиксальным оформлением. Корнеев — от полной формы Корней, Корнилов — от церковного Корнилий, а Корнин — от разговорного варианта Корня. Это не «ошибка» писаря, а самостоятельная народная модель, которая бытовала параллельно с книжными формами.