Фамилия Корнее — одна из тех, где внешняя простота обманчива. На первый взгляд она кажется вариантом фамилии Корнеев, но суффикс -е, а не -ев меняет всю картину. В русской ономастике фамилии на -е (Корнее, Михее, Агее) — это застывшая форма родительного или дательного падежа от имени. Чаще всего такую модель связывают с украинским или южнорусским влиянием, где патронимимы (фамилии по отцу) нередко оформлялись без притяжательного суффикса. То есть Корнее означает «сын Корнея» или «из рода Корнея», но в более краткой, южной огласовке.

Основа фамилии — каноническое имя Корней (от латинского Cornelius, «рог» или «рожок»). В народной среде имя было распространено, но фамилия от него пошла не только напрямую. В некоторых говорах «корней» могло быть прозвищем упрямого или коренастого человека — по ассоциации с корнем дерева. Версия с прозвищем особенно вероятна для фамилий с суффиксом -е: они часто фиксировали не столько отчество, сколько прозвание, данное в быту.

Географически фамилия Корнее тяготеет к Курской, Белгородской и Воронежской областям, а также к востоку Украины. В дореволюционных переписях она встречается реже, чем Корнеев, но именно эта редкость и делает её маркером: носители, скорее всего, происходят из крестьянской или казачьей среды Черноземья, где краткая форма патронимима была нормой. В дворянских родах такая модель почти не встречалась.

Ошибка, которую часто делают при поиске: путают Корнее с фамилией Корнеев, думая, что это один и тот же род с разным написанием. На деле это разные ономастические модели. Корнеев — классический русский патроним на -ев (отчество от Корней), а Корнее — южнорусский или украинский вариант, где суффикс редуцировался. В современных базах данных эти фамилии не пересекаются по происхождению, хотя корень, разумеется, общий.

Если у ваших предков фамилия Корнее, стоит искать их в метрических книгах и ревизских сказках по сёлам бывшей Слобожанщины. Там же, кстати, можно встретить и однокоренные формы вроде Корнеенко или Корниенко — они бытовали в тех же местах, но с другим суффиксальным оформлением.